与软件专利相伴而生的是商业方法专利。其实这也是一种软件专利，不过是用于互联网络电子商务方面的软件专利。

网络商业方法专利的兴起也起源于产业利益。据美国从事产业分析的IDC预估，2000年底全球互联网络用户数将从1998年的1.44亿人增加至3.27亿人；Forrester研究公司估计，2001年企业对企业(B2B)交易的金额将增长至1.5万亿美元，为1998年的34倍； eMarketer
公司2003年3月份的研究报告也显示，全球的电子商务市场总交易金额也将从1999年的984亿美元成长到2003年的1.44万亿美元；而美国通过互联网络的商务于2002年将接近2，500亿美元；至于电子商务应用服务公司(ASP)的营收在2004年预计增长至78亿美元。从这些调查报告可以看出，互联网络与电子商务正在快速地成长中。

为了占领电子商务时代的“知识财富”，发达国家积极发动了新的专利扩张战争。1998年，美国联邦巡回上诉法院对State Street一案的判定确认对商业方法软件予以专利保护。 之后，美国专利商标局创建了“技术中心2100”，专门审理由计算机执行的商业方法专利的申请。从此软件厂商和其它利用计算机软件来进行资料或资源管理、传递、提取与分配的企业，便把在日常生产经营活动中开发出来的软件程序申请专利保护。这些利用软件与互联网络所提供的服务，只要符合专利三性(实用性、新颖性和进步性)，都可以申请专利。

在政府的鼓励下，美国企业掀起了电子商务专利热。互联网络和电子商务相关专利的申请，与网络技术和电子商务的发展密切相关。1995年与1996年申请的专利多半集中在网络安全领域；1997年则以资金流相关技术为主；1998年集中在商务的网络化，如企业内部的财务管理、数据处理等；到了1999年以后，则以电子购物、银行等技术为申请重点。

具体而言，商业方法专利种类可包含电信通讯、金融与财务、订购运送以及所有有关互联网络应用和电子商务相关的专利。作者将这些专利分类如下：

(1)电信通讯。例如瑞典Ericsson公司名为“软件容错管理系统”专利，该专利是利用“智能型管理的信息基础”之技术来解决电信通讯系统中软件错误的监视、诊断、管理之方法，目的是以最快和最低的成本发现软件错误的地方。

(2)网络交易安全。例如亚马逊书店(Amazon。com)美国专利5,715,399号专利，藉由抽离交易人之信用卡号码部分数字，而仅显现部份信用卡数字的方式来进行讯息传输，避免第三者得以窥视交易人的完整信用卡资料。

(3)企业资源管理。例如IBM关注的是E-business专利，申请的内容在于企业的网络化管理，工作流程安排、后勤支持、人力及资源配置、市场信息等前后端的整合，讲求的是流程效率及顾客导向观念。以该公司1996年获得的5,504,675号专利为例，该专利为自动化促销筛选方法与系统，企业每收到一笔顾客资料，就通过这个系统与现有数据库的存货资料、其它顾客的采购资料等进行对比分析，而后建议企业修改营销策略，选择最合适的营销方案。

(4)资金流管理。例如美国美林证券公司拥有的一套“证券现金管理系统”专利，该专利用以监督、组合或调节股票交易佣金、有价证券或是一些短期流动资金。

又如花旗银行1995年申请的电子货币系统专利，该系统发展自1991年，包含发行银行、受款银行、清算银行与商家及消费者及其间的运作，是电子商务的基础专利，已在世界主要国家，包括中国，提出了专利申请。

(5)在线销售或服务。例如亚马逊书店拥有的在线购物方法的One-click专利，可以让顾客点击一次鼠标就可以重复购物。

又如Dell为它特有的直销模式申请的 “在按订单生产中配置软件的流程”专利。顾客可通过网络选择计算机软、硬件组装的配置，系统接收顾客订单之后，依据顾客订单内容来产生软、硬件配置列表，并将此列表分别送至软、硬件组装与生产线。当顾客所订购的硬件组装后，系统会给予此硬件一识别码，并将此识别码写入一个含有顾客订购安装的软件的光盘内。在将软件安装于硬件系统内之前，CD-ROM驱动程序会事先比较硬件系统的识别码与CD-ROM内所储存的识别码。透过此订购生产方式，可生产符合顾客需求之计算机，并减少制造商之存货与经营成本。

据美国专利与商标局的统计，1990年美国授予与网络有关的发明专利仅有22项；在1996年以前，涉及互联网的专利申请只有13件；截止到1998年，与网络有关的发明专利授权数已达2193件；1999年前3个月，有关互联网的专利授权达到695件之多 。到2000年年底，有关电子商务的授权专利，美国已有1500多件，日本有接近200件。随后的国家是加拿大、英国、荷兰等国。韩国宣称每年有关电子商务的专利申请达到3000-4000件，位居全球之首。美国有关商业方法专利的申请，1998年为1300件，1999年为2600件，到2000年5月已有4500-5000件 。

随着电子商务的发展，涉及到互联网电子商务经营模式专利的纠纷也开始增加。自1999年10月以来，就发生了多起，其中比较引人注目的有美国钱线(Price line)公司诉Microsoft公司及其所属的Expedia旅游服务公司侵害其“逆拍卖方式”专利之诉；亚马逊书店诉Barnes and noble 书店侵害其One-Click专利之诉 ，Intouch公司诉亚马逊、时代华纳等多家网站运营商侵害其“在线音乐作品试听技术”专利之诉。但是最吸引人的还是对Microsoft公司的专利侵权诉讼。