这段存在争议的姻缘在宣布后的第18天便出现了危机。

常言道：道不同不相为谋。而Microsoft与Novell这两个曾经的敌人却在11月初选择了高调合作。在起先的一段时间里，所有人都未来得及做出反应。鉴于Microsoft近年来对开源社区的逐步靠拢，似乎还无法看清Microsoft的准确意图。瞠目之余，美国有媒体把此举戏称作“狐狸娶了鸡，并一同住进了鸡舍”。而二者的关系很快便出现了裂痕。

事情起因于鲍尔默在11月中旬于美国西雅图的一次公开演讲中，再度重申了一个“古老”的话题—Microsoft认为，Linux的一些代码对Microsoft Windows存在侵权。事实上，这是Microsoft一直以来的一个观点，但由于其并没有清晰地指出这些“被Linux侵犯”的专利技术是什么，因此关于Linux 代码所有权的争论一直持续着，却没有定论。

但是，在与Novell刚刚宣布合作的背景下，鲍尔默再度重申了这一敏感话题，却无疑掀起了千层波浪。因为在Microsoft与Novell对外公布的合作协议中，有一项专门针对专利的声明，打开了开源软件向Microsoft付专利费的局面。细节是，Microsoft在合作期的5年内向Novell支付1.08亿美元的专利费；而 Novell也将向Microsoft支付至少4000万美元的专利费用，双方所达成的共识是，“互不起诉对方的用户专利侵权”。

但显然，二者对专利费出发点的理解存在着差异。鲍尔默认为，这意味着Novell已默认“Linux中存在侵犯Windows专利”的事实。因此，他毫无顾忌地在公开场合提及此事。但是，这一行为却招致了外界的恐慌——没有使用NovellSuSELinux发行版本的Linux用户，身处在随时可能被起诉的危机之中。

这一做法也让本已不平静的开源社区炸开了锅。事实上，在Microsoft与Novell宣布达成协议的一周之后，各种与Linux沾边的自由团体开始公开表示反对。其中，Samba社区的态度尤为激烈。他们在11月12日发出的一个声明的开篇就毫不婉转地写道：“Samba团队强烈反对Novell在11月 2日的行为（即指与Microsoft签约一事）。”并控诉Novell“为了要战胜其他竞争对手的这点眼前的小利益，而牺牲了关乎整个自由软件社区的长久利益”。

鲍尔默的行为显然让开源社区的担心提前兑了现——他们认为，Microsoft正是在采取深入敌后的这一招，并将有可能瓦解Linux的现有阵营。实际上，继 SCO等几桩关于版权的控诉事件之后，该领域的领军者RedHat曾在2004年采取了一种“开源担保”的策略，把所有潜在的专利法律责任揽在自己肩上，以免失去用户。而Novell选择与Microsoft达成协议，也是不希望在专利问题上引起用户的分流，但却间接对其他Linux发行版用户造成了潜在的商业威胁。现在看来，Microsoft采取的是各个击破的策略，鲍尔默曾暗示希望与其他Linux发行商达成类似Novell的协议。但RedHat予以断然拒绝。

Microsoft的“司马昭之心”让所有反对者的矛头都指向了Novell，使其坐立不安。于是，在11月20日，Novell的 CEORonHovsepian在官方网站上发表了一封公开信，表示不同意鲍尔默的说法。而Microsoft也很快以相同的方式做出回应，表示不希望在是否侵权一事上与Novell发生争论，并愿意尊重Novell的看法，但仍将保留其不同见解。

对于Microsoft的进入，受惠于Linux发展的IBM并没有表现出欢迎的姿态。IBM负责Linux和开源事务的副总裁ScottHandy在接受媒体采访时说：“我们不知道Microsoft的真正意图是什么，但IBM的态度是这件事（指专利费）完全没有必要。”他坚持Linux合法的论调，认为不应该把终端用户牵涉进来，同时认为Microsoft正试图在Linux周围营造一种“恐惧、不确定及怀疑”的气氛。

另一方面，有人在做着拆散这对“夫妻”的努力。自由软件基金会的律师、GPL协议的起草者EbenMoglen便是其中之一。他认为Novell与Microsoft的合作可能从根本上违反了GPL的某些开放条款，并称将在GPL3.0的新版协议中增补一些对此类合作不利的内容。

那么，Novell与Microsoft的牵手究竟能持续多久？有分析师认为，二者在合作不久便出现争议显示了这一协议的达成过于仓促，因为就在其公布的几天前，Oracle刚刚对外宣布了新的“坚不可摧的”Linux计划，并将RedHat摆在了一个主导位置。但也有分析师认为，虽然两家公司就协议内容发生了争执，但鉴于这一合作对双方都有利，因此结局不会有什么改变。